我院现有数学和系统科学两个一级学科硕士学位授权点，涵盖运筹学与控制论、应用数学、基础数学、计算数学、概率论与数理统计、系统理论、系统分析与集成、学科教学（数学）、课程与教学论和数学教育学等10个二级学科硕士学位授权点。 先后获批重庆市“十五”重点学科（系统理论）、重庆市“十一五”重点学科（运筹学与控制论）、重庆市“十二五”重点学科（数学一级学科）和重庆市一流学科（数学一级学科）。拥有教育部重点实验室（最优化与控制）、重庆市重点实验室（运筹学与系统工程）、重庆市高校重点实验室（运筹学与控制论）、重庆市院士工作站、重庆市首席专家工作室、重庆市海外引智工作站、重庆市重点人文社科基地（课程与教学论）、重庆市创新团队2个（最优化理论及应用、非线性系统理论及应用）等科研平台。同时，还拥有优良的学科教育教学资源和平台，包括数学与应用数学教育部首批特色专业、重庆市教学团队2个（函数与分析、数学教师教育课程群）、重庆市研究生创新基地（数学）、重庆市人才培养模式创新实验区（面向基础教育的教师）、重庆市专业综合改革试点（数学与应用数学）、重庆市本科高校“三特行动计划”特色专业（数学与应用数学）、重庆市特色学科群（数学与数学教育），国家级教师教育精品资源共享课程（中学数学教学设计）、重庆市研究生优质课程3门（凸分析与集值分析、矩阵分析、现代课程论研究）、重庆市精品视频公共课（数学教学论）、重庆市精品课程2门（数学分析、数学教学论）等。